Еще во время пребывания Николая Гавриловича в Петропавловской крепости кроме Ольги Сократовны его навещали и всячески помогали ему двоюродные сестры и братья Пыпины: Александр, Сергей, Евгения и Полина. Чуждые паники, твердые духом, глубоко затаившие в сердцах свою любовь к брату, они понимали, что на дело надо отвечать делом. Слова и слезы ни к чему. Что теперь нужно предпринять не откладывая? Приговор настолько суров, что можно опасаться лишения прав состояния, в том числе ожидать конфискации отцовского дома в Саратове, перешедшего к Николаю Гавриловичу по завещанию. Дети настолько малы, что о них и говорить не приходится, а Ольга Сократовна сейчас не справится ни с какими делами: от нее доктора не отходят.
И вот Александр Николаевич Пыпин заключает с Николаем Гавриловичем договоренность на покупку у него саратовского дома, чтобы он не перешел в чужие руки. Они оформили это дело через нотариуса, и А. Н. Пыпин также официально передал управление домом своим родителям, жившим в Саратове.
Не только это сделали Пыпины для Н. Г. Чернышевского. Когда они приехали в Петропавловскую крепость провожать его в Сибирь, то у ворот крепости дожидался приобретенный Пыпиным на свои средства экипаж с рессорами, который, с разрешения петербургского генерал- губернатора, должен был везти Чернышевского в трехмесячный путь на каторгу. А. Н. Пыпину удалось выхлопотать, чтобы из крепости Чернышевский был отправлен без кандалов и не пешком по этапу, а в своем экипаже. Но из Зимнего дворца за узником Петропавловской крепости слишком зорко следили холодные глаза коронованного палача. Когда наступили последние минуты прощания, Чернышевского провели через другой ход, у которого дожидался не рессорный экипаж, а казенная повозка без рессор. Кандалы были надеты в дороге.
А. Н. Пыпин в письме к петербургскому генерал-губернатору заявлял о подлоге Костомарова. Видимо, это и подлило масла в огонь при решении властей, как отправлять Чернышевского в Сибирь. Но Пыпин мужественно продолжал разоблачать низкий обман, ложь и предательство по отношению к осужденному брату и делал это еще несколько раз в жизни, обращаясь к властям и не подозревая, что Костомаров был только игрушкой в руках царя, называвшего Чернышевского своим "личным врагом".
Во время ссылки Александр Николаевич Пыпин приютил у себя в доме сыновей Чернышевского, дал им образование и содержал их на средства, получаемые от продажи переводных трудов их отца, которые Пыпин готовил к печати и издавал. А когда сыновья Николая Гавриловича подросли и стали совершеннолетними, Александр Николаевич опять-таки через нотариуса подарил им отцовский дом и тем самым дал возможность в будущем создать в этом доме музей.
Но между покупкой и подарком дома произошло событие, в котором Пыпины приняли самое горячее участие, стремясь сохранить имущество Н. Г. Чернышевского. В 1866 году от сильного пожара пострадали дома Чернышевских и Пыпиных.
- Ну, слава богу! Последние остатки чернышевщины сгорели! - сказал тогда директор саратовской гимназии инспектору.
Однако история рассудила иначе. В год пожара другой двоюродный брат Н. Г. Чернышевского Пыпин Сергей Николаевич выиграл по внутреннему государственному займу пять тысяч рублей. Они пошли на восстановление домов и усадеб Пыпиных и Чернышевских. Если в августе 1866 года сгорели деревянные пристройки дома, где родился Н. Г. Чернышевский, то через год этот дом стоял опять как новый. В таком виде А. Н. Пыпин и подарил дом сыновьям Чернышевского.
"Прошу тебя,- писал А. Н. Пыпин своей сестре Варваре Николаевне в Саратов, - скажи нашим старикам, что я решил так сделать. Мы ничем не можем сейчас порадовать Николая Гавриловича. Сделаем хоть это немногое".
Сибирские письма мужа Ольга Сократовна не имела права получать лично. Они шли сначала на имя Ивана Григорьевича Терсинского, который привозил Александру Николаевичу и Сергею Николаевичу Пыпиным конверты с казенной печатью. Их вкладывали в новый конверт и адресовали в Саратов Николаю Дмитриевичу Пыпину, а уже от него письмо попадало в руки жене Чернышевского. В течение 20 лет общее семейное горе связывало большую семью Пыпиных с Ольгой Сократовной.
Дети Чернышевского выросли в семье Александра Николаевича Пыпина вместе с его детьми. Таким же родным домом стала для них и квартира сестры Александра Николаевича Пыпина, Полиньки, в старом заросшем зеленью особняке на Васильевском острове, где маленькие Саша и Миша встречались с осиротевшими братьями Н. А. Добролюбова.
Пыпины были самыми близкими друзьями Николая Гавриловича до конца его жизни.